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南岭国家公园(拟建)自然生态系统以森林生态系统为主，森林面积约165192.44hm2。

其中，常绿阔叶林 113124.69hm2，包括亚热带季风常绿阔叶林、亚热带山地常绿阔叶林、亚热带常绿阔叶山顶矮林、热带常绿阔叶崖壁矮林和亚热带石灰岩常绿阔叶林等 5 类植被亚型 40 个群系，是国家公园内最具代表性的森林生态系统；

暖性针叶林 14701.32hm2，包括马尾松群系、杉木群系和南方铁杉群系；

落叶阔叶林及常绿、落叶阔叶混交林18784.53hm2，主要以水青冈 Fagus longipetiolata、银钟花 Halesia macgregorii、亮叶桦Betula luminifera 等优势树种；

针阔混交林 18581.9hm2，主要为马尾松、华南五针松(广东松)Pinus kwangtungensis、杉木、福建柏 Fokienia hodginsii、长苞铁杉 Tsuga longibracteata 等与阔叶树种木荷、疏齿木荷 Schima remotiserrata、锥属等植物的混交林。